Tháng 8/1991, tại kỳ họp thứ 9 Quốc Hội khoá VIII Quốc hội nước Cộng hoà Xã hội Chủ nghĩa Việt Nam ra Nghị quyết chia tách tỉnh Hoàng Liên Sơn thành 2 tỉnh Lào Cai và Yên Bái; thực hiện nghị quyết trên ngày 01/10/1991 tỉnh Lào Cai tái lập chính thức đi vào hoạt động. Cùng với việc kiện toàn tổ chức bộ máy các Sở, Ban ngành của tỉnh, 15 cán bộ đầu tiên (Quyết định số 195/QĐ.TC ngày 03 tháng 9 năm 1991 của Ủy ban Kế hoạch tỉnh Hoàng Liên Sơn), được sự lãnh đạo của Tỉnh uỷ, HĐND, UBND, sự hỗ trợ tích cực từ UBKH Nhà nước, các Bộ, ban ngành Trung ương đã tiến hành các công việc như: Quy hoạch phát triển kinh tế - xã hội tỉnh Lào Cai, lập kế hoạch hàng năm, lựa chọn địa điểm và quy hoạch xây dựng thị xã Lào Cai (nay là thành phố Lào Cai).

Tháng 1/1991, Đại hội X - Đảng bộ tỉnh Lào Cai được tiến hành với mục tiêu “Phát huy truyền thống đoàn kết các dân tộc và những kết quả đã đạt được, quyết tâm vượt qua khó khăn thử thách, giữ vững ổn định chính trị, củng cố phát triển kinh tế - xã hội theo hướng kinh tế hàng hoá nhiều thành phần …” đồng thời định ra các chiến lược chủ yếu, các mục tiêu cụ thể cho kế hoạch 5 năm (1991- 1995). 

Giai đoạn từ năm 1995 - 2000, đánh dấu sự trưởng thành vượt bậc của ngành Kế hoạch và Đầu tư, cơ quan Bộ Kế hoạch và Đầu tư, hệ thống các Sở Kế hoạch và Đầu tư được thành lập - Sở Kế hoạch và Đầu tư tỉnh Lào Cai được thành lập theo đó tại Quyết định số 48/QĐ.UB ngày 23/4/1996 của UBND tỉnh Lào Cai.